DokuWiki

User Tools

Site Tools

Trace:
cluster:73

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
Next revision Both sides next revision
cluster:73 [2021/07/27 19:12]
hmeij07 [Miniconda3] 		cluster:73 [2021/08/30 18:07]
hmeij07 [Paleogenomics Tools]
Line 18: Line 18:
 on either cottontail2 or node n33 located at /share/apps/CENTOS6 \\ on either cottontail2 or node n33 located at /share/apps/CENTOS6 \\
 Some compilations require 7.x and are in /share/apps/CENTOS7 \\ Some compilations require 7.x and are in /share/apps/CENTOS7 \\
 +
 +====== Miniconda2 =====
 +
 +  * miniconda2 (python 2.7) is hiding in section
 +  * "Kallisto & Trinity & FastQC"
 +    * some packages require centos 6 (like cufflinks)
 +  * many packages are also available in miniconda3 section
 +    * requires centos 7 (python 3.9)
 +
 +====== Sequencing Tools #4 ======
 +
 +Added to miniconda3, see section "Miniconda3"
 +
 +  * Requires centos7 so queues mwgpu, amber128, exx96
 +    * debug server greentail52
 +    * PREFIX=/share/apps/CENTOS7/miniconda3
 +    * python 3.9
 +  * jcoolon lab
 +    
 +
 +<code>
 +
 +# environment
 +source /share/apps/CENTOS7/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
 +export PATH=/share/apps/CENTOS7/miniconda3/bin:$PATH
 +export LD_LIBRARY_PATH=/share/apps/CENTOS7/miniconda3/lib:$LD_LIBRARY_PATH
 +
 +
 +    libgcc-7.2.0               |       h69d50b8_2         304 KB  conda-forge
 +    samtools-1.7               |                1         1.0 MB  bioconda
 +    bowtie2-2.2.5              |   py38hed8969a_7        11.8 MB  bioconda
 +    perl-5.26.2                |    h36c2ea0_1008        15.4 MB  conda-forge
 +    bedtools-2.30.0            |       hc088bd4_0        14.0 MB  bioconda
 +
 +# cufflinks requires centos 6, weird, so also added to miniconda2, 
 +# see section "Kallisto & Trinity & FastQC"
 +
 +</code>
  
 ====== Sequencing Tools #3 ====== ====== Sequencing Tools #3 ======
Line 303: Line 341:
 numpy                     1.19.5                   pypi_0    pypi numpy                     1.19.5                   pypi_0    pypi
 time                      1.8                  h516909a_0    conda-forge time                      1.8                  h516909a_0    conda-forge
 +</code>
 +
 +For nwells/smithlab added
 +
 +<code>
 +
 +conda install -c schrodinger pymol-bundle
 +
 +    package                    |            build
 +    ---------------------------|-----------------
 +    apbs-1.5                   |       h14c3975_3         277 KB  schrodinger
 +    biopython-1.78             |   py38h7b6447c_0         2.1 MB
 +    bzip2-1.0.8                |       h516909a_3         398 KB  conda-forge
 +    collada2gltf-2.1.4         |       h6bb024c_0         3.2 MB  schrodinger
 +    conda-4.10.3               |   py38h578d9bd_0         3.1 MB  conda-forge
 +    curl-7.71.1                |       hbc83047_1         140 KB
 +    dbus-1.13.18               |       hb2f20db_0         504 KB
 +    expat-2.4.1                |       h2531618_2         168 KB
 +    fontconfig-2.13.1          |    he4413a7_1000         327 KB  conda-forge
 +    freemol-1.158              |             py_2           6 KB  schrodinger
 +    freetype-2.10.4            |       h7ca028e_0         912 KB  conda-forge
 +    glew-2.0.0                 |                0         660 KB  schrodinger
 +    glib-2.69.0                |       h5202010_0         1.7 MB
 +    gst-plugins-base-1.14.0    |       hbbd80ab_1         4.8 MB
 +    gstreamer-1.14.0           |       h28cd5cc_2         3.2 MB
 +    h5py-2.10.0                |nompi_py38hafa665b_105         1.1 MB  conda-forge
 +    hdf4-4.2.13                |       h3ca952b_2         714 KB
 +    hdf5-1.10.6                |nompi_h7c3c948_1111         3.1 MB  conda-forge
 +    icu-58.2                   |    hf484d3e_1000        22.6 MB  conda-forge
 +    jpeg-9d                    |       h36c2ea0_0         264 KB  conda-forge
 +    krb5-1.18.2                |       h173b8e3_0         1.3 MB
 +    libcurl-7.71.1             |       h20c2e04_1         305 KB
 +    libglu-9.0.0               |    he1b5a44_1001         413 KB  conda-forge
 +    libholoplaycore-0.1.0_rc4  |                1         325 KB  schrodinger
 +    libnetcdf-4.7.4            |nompi_h56d31a8_107         1.3 MB  conda-forge
 +    libpng-1.6.37              |       h21135ba_2         306 KB  conda-forge
 +    libssh2-1.9.0              |       hab1572f_5         225 KB  conda-forge
 +    libtiff-4.0.10             |    hc3755c2_1005         602 KB  conda-forge
 +    libuuid-2.32.1             |    h14c3975_1000          26 KB  conda-forge
 +    libxcb-1.13                |    h14c3975_1002         396 KB  conda-forge
 +    libxml2-2.9.10             |       hb55368b_3         1.2 MB
 +    lz4-c-1.9.2                |       he1b5a44_3         203 KB  conda-forge
 +    mengine-1                  |       h14c3975_1         676 KB  schrodinger
 +    mpeg_encode-1              |       h14c3975_1         106 KB  schrodinger
 +    mtz2ccp4_px-1.0            |       h9ac9557_3         547 KB  schrodinger
 +    olefile-0.46               |     pyh9f0ad1d_1          32 KB  conda-forge
 +    pcre-8.45                  |       h295c915_0         207 KB
 +    pdb2pqr-2.1.2+pymol        |             py_0         236 KB  schrodinger
 +    pillow-6.2.1               |   py38h6b7be26_0         637 KB  conda-forge
 +    pmw-2.0.1+3                |             py_3          60 KB  schrodinger
 +    pthread-stubs-0.4          |    h36c2ea0_1001           5 KB  conda-forge
 +    pycollada-0.7.1+bdf414c7   |             py_1          80 KB  schrodinger
 +    pykerberos-1.2.1           |   py38h27cfd23_2         259 KB
 +    pymol-2.4.1                |   py38h4463551_0         8.5 MB  schrodinger
 +    pymol-bundle-2.4.1         |                0          16 KB  schrodinger
 +    pymol-web-examples-2.4     |                1         1.9 MB  schrodinger
 +    pyqt-5.9.2                 |   py38h05f1152_4         4.5 MB
 +    qt-5.9.7                   |       h5867ecd_1        68.5 MB
 +    rigimol-1.3                |                2         489 KB  schrodinger
 +    sip-4.19.13                |   py38he6710b0_0         277 KB
 +    xorg-libxau-1.0.9          |       h14c3975_0          13 KB  conda-forge
 +    xorg-libxdmcp-1.1.3        |       h516909a_0          18 KB  conda-forge
 +    zstd-1.4.5                 |       h9ceee32_0         619 KB
 +
 +
 </code> </code>
  
Line 407: Line 510:
   * centos7 R v 3.6.0   * centos7 R v 3.6.0
   * use your HPC username and credentials   * use your HPC username and credentials
 +
 +<code>
 +
 +# native OS installation for rstudio
 +/bin/R
 +
 +</code>
  
 ====== DMTCP ===== ====== DMTCP =====
Line 530: Line 640:
  
 </code> </code>
 +
 +  * **sratools** https://github.com/ncbi/sra-tools/
 +  * The SRA Toolkit and SDK from NCBI is a collection of tools and libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives.
 +  * requires centos7 (glibc) so queues mwgpu, amber128, exx96
 +
 +<code>
 +
 +export PATH=/share/apps/CENTOS7/sratools/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin:$PATH
 +
 +</code>
 +
 +  * **adapterremoval** https://adapterremoval.readthedocs.io/en/latest/index.html
 +  * **bwa** https://github.com/lh3/bwa
 +  * **bowtie2** http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
 +
 +These are all part of Miniconda3 (centos7), to setup the environment consult 
 +
 +  * https://dokuwiki.wesleyan.edu/doku.php?id=cluster:73#miniconda3
 +    * queues: mwgpu, amber128, exx96, debug server greentail52
 +
 +They are also available via Miniconda2 (centos6), consult
 +
 +  * https://dokuwiki.wesleyan.edu/doku.php?id=cluster:73#miniconda2
 +    * queues: hp12, mw256fd, tinymem, debug server swallowtail
 +
 +<code>
 +
 +[hmeij@greentail52 ~]$ conda list | egrep "adapterremoval|bwa|bowtie"
 +adapterremoval            2.3.2                hb7ba0dd_0    bioconda
 +bowtie2                   2.2.5            py38hed8969a_7    bioconda
 +bwa                       0.7.17               hed695b0_7    bioconda
 +
 +</code>
 +
  
  
Line 851: Line 995:
   * location: /share/apps/FastQC/0.11.8   * location: /share/apps/FastQC/0.11.8
   * https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/   * https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
-  * biolab (jcoolon, tearley)+  * requires centos6, may not run on centos7 
 +    * queues: hp12, tinymem, mw256fd mw128 
 +    * debug server swallowtail 
 +  * biolab (coolonlab, tearley)
  
  
Line 861: Line 1008:
 <code> <code>
  
 +# env
 export PATH="/share/apps/CENTOS6/miniconda2/bin:$PATH" export PATH="/share/apps/CENTOS6/miniconda2/bin:$PATH"
 export LD_LIBRARY_PATH="/share/apps/CENTOS6/miniconda2/lib:$LD_LIBRARY_PATH" export LD_LIBRARY_PATH="/share/apps/CENTOS6/miniconda2/lib:$LD_LIBRARY_PATH"
Line 874: Line 1022:
   hdf5               conda-forge/linux-64::hdf5-1.10.3-hba1933b_1001   hdf5               conda-forge/linux-64::hdf5-1.10.3-hba1933b_1001
   kallisto           bioconda/linux-64::kallisto-0.45.0-hdcc98e5_0   kallisto           bioconda/linux-64::kallisto-0.45.0-hdcc98e5_0
 +
 +
 +# --- //[[hmeij@wesleyan.edu|Henk]] 2021/08/19 08:55//
 +# Added packages below for Prof Coolon's lab (skalra)
 +
 +
 +conda list | egrep -i "samtools|bowtie2|bedtools|cufflinks"
 +bedtools                  2.30.0               h7d7f7ad_1    bioconda
 +bowtie2                   2.3.5.1          py27he513fc3_0    bioconda
 +cufflinks                 2.2.1                    py27_2    bioconda
 +samtools                  1.13                 h8c37831_0    
  
 </code> </code>
cluster/73.txt · Last modified: 2024/07/25 19:05 by hmeij07

Page Tools

Except where otherwise noted, content on this wiki is licensed under the following license: CC Attribution-Share Alike 4.0 International
CC Attribution-Share Alike 4.0 International Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki