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cluster:94

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cluster:94 [2011/01/24 16:49]
hmeij
cluster:94 [2011/01/25 11:39] (current)
hmeij
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 **[[cluster:0|Back]]** **[[cluster:0|Back]]**
  
 +  * JAC and Factor_IX are two sample programs included with Amber (one memory intensive, one IO intensive, forgot what is what).
 +
 +  * "1g6r" is a program from Surjit Dixit that should scale really well in his opinion.
  
 ====== Swallowtail ====== ====== Swallowtail ======
Line 20: Line 23:
 Above some old benchmark runs against swallowtail's infiniband switch. Above some old benchmark runs against swallowtail's infiniband switch.
  
-Below new benchmarks with IPoIB.+Below new benchmarks with IPoIB. "ptile" is the number of jobs slots to allocate per node, so with 16 requested and ptile=1 sixteen individual hosts will be selected and //all// MPI traffic between hosts will go via the Voltaire infiniband switch.
  
 ^  Amber  ^  What  ^  Host  ^  N  ^  JAC  ^  Factor_IX  ^ ptile= ^ ^  Amber  ^  What  ^  Host  ^  N  ^  JAC  ^  Factor_IX  ^ ptile= ^
 |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  n1  |  02  |  2m36s  |  4m14s  |    | |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  n1  |  02  |  2m36s  |  4m14s  |    |
-|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  n1  |  04  |  1m27s  |  2m33s     |+|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  n1  |  04  |  1m23s  |  2m14s     |
 |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  n1  |  08  |  0m47s  |  1m20s  |    | |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  n1  |  08  |  0m47s  |  1m20s  |    |
 |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |    |  16  |  1m04s  |  2m17s  |  8  | |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |    |  16  |  1m04s  |  2m17s  |  8  |
 |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |    |  16  |  0m42s  |  2m07s  |  1  | |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |    |  16  |  0m42s  |  2m07s  |  1  |
  
-^  Amber  ^  What  ^  Host  ^  N  ^  1g6r  ^ +^  Amber  ^  What  ^  Host  ^  N  ^  1g6r  ^ ptile= 
-|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |  C-00   02  |  2m55s  | +|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |  n1   02  |  2m40s  |    
-|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |  C-00   04  |  1m32s  | +|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |  n1   04  |  1m23s  |    
-|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |  C-00   08  |  1m03s  |+|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |  n1   08  |  0m47s  |    | 
 +|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |    |  16  |  0m43s  |  8  | 
 +|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |    |  16  |  0m39s  |  1  |
  
  
cluster/94.1295905757.txt.gz · Last modified: 2011/01/24 16:49 by hmeij