User Tools

Site Tools


cluster:94

Warning: Undefined array key -1 in /usr/share/dokuwiki/inc/html.php on line 1458

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
cluster:94 [2011/01/24 16:40]
hmeij
cluster:94 [2011/01/25 11:39] (current)
hmeij
Line 2: Line 2:
 **[[cluster:0|Back]]** **[[cluster:0|Back]]**
  
 +  * JAC and Factor_IX are two sample programs included with Amber (one memory intensive, one IO intensive, forgot what is what).
 +
 +  * "1g6r" is a program from Surjit Dixit that should scale really well in his opinion.
  
 ====== Swallowtail ====== ====== Swallowtail ======
Line 10: Line 13:
 |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  C-00  |  04  |  1m27s  |  2m33s  | |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  C-00  |  04  |  1m27s  |  2m33s  |
 |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  C-00  |  08  |  1m00s  |  1m57s  | |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  C-00  |  08  |  1m00s  |  1m57s  |
 +
 +^  Amber  ^  What  ^  Host  ^  N  ^  1g6r  ^
 +|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |  C-00  |  02  |  2m55s  |
 +|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |  C-00  |  04  |  1m32s  |
 +|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |  C-00  |  08  |  1m03s  |
  
 ====== Greentail ====== ====== Greentail ======
Line 15: Line 23:
 Above some old benchmark runs against swallowtail's infiniband switch. Above some old benchmark runs against swallowtail's infiniband switch.
  
-Below new benchmarks with IPoIB.+Below new benchmarks with IPoIB. "ptile" is the number of jobs slots to allocate per node, so with 16 requested and ptile=1 sixteen individual hosts will be selected and //all// MPI traffic between hosts will go via the Voltaire infiniband switch.
  
 ^  Amber  ^  What  ^  Host  ^  N  ^  JAC  ^  Factor_IX  ^ ptile= ^ ^  Amber  ^  What  ^  Host  ^  N  ^  JAC  ^  Factor_IX  ^ ptile= ^
 |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  n1  |  02  |  2m36s  |  4m14s  |    | |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  n1  |  02  |  2m36s  |  4m14s  |    |
-|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  n1  |  04  |  1m27s  |  2m33s     |+|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  n1  |  04  |  1m23s  |  2m14s     |
 |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  n1  |  08  |  0m47s  |  1m20s  |    | |  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |  n1  |  08  |  0m47s  |  1m20s  |    |
-|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |    |  16  |  0m47s  |  1m20s   8  |+|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |    |  16   1m04s  |  2m17s  |  8  | 
 +|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  Sander.MPI  |    |  16  |  0m42s  |  2m07s  |  1  | 
 + 
 +^  Amber  ^  What  ^  Host  ^  N  ^  1g6r  ^ ptile= ^ 
 +|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |  n1  |  02  |  2m40s  |    | 
 +|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |  n1  |  04  |  1m23s  |    | 
 +|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |  n1  |  08   0m47s  |    | 
 +|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |    |  16  |  0m43s   8  | 
 +|  9+openmpi-1.2+intel-9  |  pmemd  |    |  16  |  0m39s  |  1  | 
  
  
cluster/94.1295905221.txt.gz · Last modified: 2011/01/24 16:40 by hmeij